Bei den Window-Managern wird schon der erste kleine Unterschied in der Philosophie der beiden Projekte deutlich. Während KDE einen eigenen Window-Manager mitbringt, gibt es für GNOME keinen speziellen Window-Manager. Die Idee dahinter ist, dass der Window-Manager nicht unbedingt fest in das Desktop-Environment integriert sein muss -- im Prinzip kann jeder beliebige Window-Manager verwendet werden. Da es ohnehin schon genügend gute Window-Manager gibt, kann sich so der Benutzer für seinen Lieblings-Window-Manager entscheiden bzw. diesen bei Einsatz von GNOME beibehalten.
KDE geht da einen etwas anderen Weg, indem es den Window-Manager fest integriert. Das bietet vor allem für Anfänger den Vorteil, dass kein Fremdprogramm händisch integriert werden muss, aber auch die Konfiguration kann einheitlich geschehen -- der Window-Manager wird wie jede andere Komponente in KDE konfiguriert. Auch die Zusammenarbeit zwischen Window-Manager und Desktop ist auf diese Weise schön gelöst. Der Window-Manager kann so auch darauf Rücksicht nehmen, dass das KDE-Panel immer im sichtbar und im Vordergrund bleibt, indem er zum Beispiel beim Maximieren eines Fensters die Größe des Panels abzieht, sodass das maximierte Fenster nur den wirklich freien Platz am Bildschirm einnimmt. Andererseits hat es jedoch den Nachteil, dass fortgeschrittenen Anwendern keine Auswahl zwischen verschiedenen Window-Managern geboten wird.
Der von GNOME eingeschlagene Weg hat aber auch den Nachteil, dass evtl. ein Window-Manager zum Einsatz kommt, der selbst auch Teile einer Desktop-Oberfläche mitbringt, zB beim fvwm2. Dadurch wird möglicherweise unnötiger Ballast mitgeschleppt.